Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Lisa, alias Kali, n'a plus rien à perdre lorsqu'elle apprend que son mari a été exécuté à Rio pour étouffer un scandale de corruption. L'intégrité de celui-ci est remise en cause et sa mémoire salie. Ancienne recrue des forces spéciales, elle se rend au Brésil avec des poings, du sang et des explosifs afin de rétablir la vérité.

Arthur est devenu roi de l'Atlantide et gère en même temps son nouveau rôle de Papa. Faisant face à une nouvelle menace de Black Manta, il est obligé de demander l'aide de son demi-frère Orm. Ils vont devoir affronter une entité dévastatrice se servant du désir de vengeance obsessionnel de Manta. Le sort de leur royaume est entre leurs mains...