Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Après avoir lutté contre une pandémie relativement bénigne pendant près d'un an, tout un peuple se repose et baisse la garde en reprenant une vie normale. C'est ce moment que le virus choisit pour muter et devenir une véritable peste psychotrope rendant les gens totalement fous furieux. Tout le monde se met à traquer tout le monde pour assouvir ses pires déviances...

Bien des années après "l'Enlèvement" de la fin des temps, les survivants doivent cohabiter avec d'étranges créatures brûlées avides de chair fraiche. Azrael et son compagnon Kenan sont chassés d'une secte considérant les paroles comme un péché en se coupant les cordes vocales. Joséphine, la cheffe de la secte, lance ses apôtres à leur poursuite et finit par les capturer. Elle décide de sacrifier Azrael aux brûlés mais elle parvient à s'échapper. Une impitoyable chasse à l'homme va alors démarrer entre la jeune femme et les cultistes, bien décidés à terminer leur rituel.