Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Après une expédition qui le laissera gravement touché, McCall est secouru par un bon samaritain dans le sud de l'Italie. Une fois remis sur pieds, il se sent chez lui dans ce petit village bienveillant et décide de rester quelques temps. Mais les Caïds locaux, exerçant une emprise violente sur les habitants, il sort de sa retraite et décide de protéger ses nouveaux amis.

De jeunes adolescents victimes de terribles cauchemars sont soignés dans un établissement spécialisé par le docteur Gordon. Nancy, victime dans sa jeunesse du terrible tueur d'enfant Freddy Krueger, décide de leur venir en aide. Elle va proposer à Neil Gordon de tenter un pari fou: tous se retrouver dans le même rêve via l'hypnose afin de combattre le croquemitaine.