Une ancienne star du Baseball découvre qu'il est atteint d'une sclérose en plaques. Contraint d'arrêter sa carrière, il s'installe avec sa femme et ses enfants dans une jolie demeure avec une grande piscine. Persuadé que cette dernière va l'aider dans le traitement de sa maladie, il va peu à peu découvrir qu'un terrible secret hante ses profondeurs et va transformer leurs séances de nage en véritables moments de cauchemar.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Un groupe de mineurs est forcé d'emmener avec eux un curieux professeur pour effectuer des prélèvements sous terre. Un éboulement les empêchant de remonter, ils découvrent une crypte contenant un mystérieux tombeau. Ce qu'ils vont libérer va alors les poursuivre inlassablement, bien décidé à les faire souffrir.