Une infection émanant de la souche du virus de la variole décime la quasi totalité de l'espèce humaine. Les hommes sont transformés en monstres sanguinaires dévorant tout ceux qu'ils trouvent sur leur passage. 9 ans après le début de l'apocalypse, un petit groupe de survivants tente de vivre tant bien que mal dans le petit village d'Harmony. Le froid et l'hiver semblaient avoir tué les créatures mais celles-ci vont très vite refaire leur apparition.. Et cadeau de mère nature, elles ont muté..

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Peter Williams, un prêtre Américain exerçant au Mexique, tente un exorcisme contre l'avis de sa hiérarchie. Il parvient à chasser le démon mais se retrouve possédé à son tour; ce qui lui fait commettre l'irréparable. Dix-huit ans plus tard, son terrible pêché le hante toujours et va bien malgré lui déclencher une bataille intérieure dépassant l'entendement.