Lors d'une patrouille de routine, l'officier Daniel Carter trouve un jeune homme blessé sur le bord de la route. Couvert de sang, celui-ci semble sérieusement avoir besoin de soins; Carter le conduit donc à l’hôpital. Peu après son arrivée, le personnel du centre commence à se transformer en créatures monstrueuses. L'officier va prendre la tête d'un groupe de rescapés et tenter de survivre à une nuit qui s'annonce cauchemardesque.

Babyface est le héros d'un film gore légendaire dont tout a été perdu.. Il n'en reste qu'une bande annonce et quelques photos. Un jeune passionné de cinéma d'horreur, certain de tenir le film de sa vie, consacre tout son temps à chercher la pellicule perdue. Il va vite se rendre compte que Babyface n'est pas un personnage imaginaire mais bel et bien un monstre sanguinaire réel et terriblement dangereux...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.