Les humains sont empêtrés dans une guerre contre l'Intelligence Artificielle qu'ils ont eux-même fait naitre. Joshua, ancien soldat d'élite ayant perdu toute sa famille lors d'un raid, est affecté à une mission destinée à détruire un élément essentiel des résistants de l'IA. Une arme potentiellement très dangereuse, capable de renverser le cours de la guerre...

Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...

Après s'être ingénieusement échappée d'un asile psychiatrique, Esther reprend ses mauvaises habitudes en se faisant passer pour une petite fille Américaine perdue dont la famille ferait tout pour retrouver la trace. Une fois la supercherie en place, son plan machiavélique va prendre une tournure bien différente de celle attendue... Persuadée d'avoir trouvé une nouvelle famille, elle va devoir faire face aux soupçons d'une mère prête à tout pour protéger sa famille.