Arthur est devenu roi de l'Atlantide et gère en même temps son nouveau rôle de Papa. Faisant face à une nouvelle menace de Black Manta, il est obligé de demander l'aide de son demi-frère Orm. Ils vont devoir affronter une entité dévastatrice se servant du désir de vengeance obsessionnel de Manta. Le sort de leur royaume est entre leurs mains...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Frank Carveth, alors en plein divorce, découvre des traces de coups sur le corps de sa petite fille Candice. Alors qu'il tente de contacter son ex-femme, internée dans un centre psychiatrique et isolée de tout, des meurtres atroces sont commis dans son entourage. Ils sont perpétrés par de petites personnes, certainement des enfants mais au visage monstrueux...