Howard Philip Lovecraft, romancier mystique puisant son inspiration dans les côtés sombres de son esprit, obtient le droit de consulter le Necronomicon, livre ancien écrit sur de la peau humaine. Il dévore l'ouvrage maudit afin de s'en inspirer et en tire 3 histoires terrifiantes. Plus ses écrits avancent, plus il va sombrer dans les ténèbres invoqués par le livre...

Hélène Lyne écrit une thèse sur les mythes et légendes urbaines. En se promenant dans un quartier défavorisé de la ville, elle découvre la légende de "Candyman", sorte de croquemitaine qui apparaît lorsque l'on prononce cinq fois son nom devant un miroir. Fascinée, Hélène se lance alors dans une enquête qui va la mener en plein cauchemar... Le monstre existe-t'il vraiment?

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.