Levon Cade est un ancien militaire spécialisé dans la lutte anti-terroriste. Depuis le suicide de sa femme, il tente de reconstruire sa vie et de voir sa fille dont la garde a été confiée à son grand-père. Travaillant sur un chantier de construction, il se lie d'amitié avec la famille de promoteurs qui vont devoir faire face à un terrible drame. Leur fille est enlevée par des malfrats et vendue au plus offrant. Levon va tout faire pour leur ramener...

Jason Vorhees, célèbre tueur indestructible de Crystal Lake, a fini par être capturé. Cryogénisé, il est retrouvé 5 siècles plus tard par une mission d'exploration venue de la terre d'asile des humains (l'air de la terre étant devenu irrespirable). Attiré par le molosse comme par un surgelé Picard, ils ne vont pas mettre longtemps à le passer au micro-onde et à décongeler sa carcasse encore bien vaillante...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.