Après une expédition qui le laissera gravement touché, McCall est secouru par un bon samaritain dans le sud de l'Italie. Une fois remis sur pieds, il se sent chez lui dans ce petit village bienveillant et décide de rester quelques temps. Mais les Caïds locaux, exerçant une emprise violente sur les habitants, il sort de sa retraite et décide de protéger ses nouveaux amis.

Quatre ans après les événements de "Halloween Kills", Laurie vit avec sa petite-fille et écrit ses mémoires. Michael a totalement disparu et elle commence peu à peu à s'affranchir des sentiments de peur et de colère qui l'ont accompagnée pendant des décennies. Mais le spectre de son frère va refaire surface quand un jeune homme, Corey Cunningham, est accusé d'avoir assassiné un garçon qu'il gardait...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...