Le monde est plongé en plein chaos depuis que les morts se sont relevés, attaquant les vivants afin de dévorer leur chair. Un petit groupe de survivants s'enfuit avec l'aide d'un pilote d'hélicoptère et se réfugie dans un centre commercial abandonné. Non sans difficultés, ils finissent par s'approprier les lieux. Alors qu'ils tentent de reconstruire un semblant de vie à l'intérieur, les choses empirent dehors et la situation devient vite incontrôlable...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Tommy et Brendan Conlon sont deux frêres séparés depuis des années par un passé familial douloureux. Tommy, ancien Marine marqué par la guerre, revient auprès de son père pour se préparer à un prestigieux tournoi de MMA. De son côté, Brendan, professeur en difficulté financière, reprend lui aussi la compétition afin de sauver sa famille. Le destin les conduit à s'affronter dans l'arène, où les blessures du passé refont surface.