Un groupe d'amis ayant un peu trop fait la fête est à l'origine d'un accident qui coûtera la vie à un automobiliste. Bien décidés à ne pas mettre leurs vies en balance, ils décident de maquiller leur fuite et promettent de ne jamais trahir leur macabre secret. Un an plus tard, un individu semble désormais les traquer pour leur rappeler ce qu'ils ont commis l'été précédent...

Le lieutenant Kate Sinclair, pilote de la Royal Air Force, est abattu en opération au-dessus de l'Afghanistan. Après un échange de tirs qui mènera à la mort de son coéquipier, elle trouve refuge dans un Bunker souterrain situé à proximité de la zone de combat. Elle va alors réveiller des armes biologiques mortelles, mi-humaines, mi-aliens, qui n'auront de cesse de la traquer...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.