Réputé meilleur pilote de chasse de la marine Américaine pendant plus de trente ans, Pete "Maverick" Mitchell repousse toujours plus loin ses limites en devenant pilote d'essai. Il refuse les promotions qui l'obligeraient à renoncer au vol mais accepte de former un détachement de jeunes pilotes diplômés pour une mission spéciale qu'aucun autre pilote n'aurait pu imaginer. L'un d'entre eux est "Rooster", le fils de son ami disparu, "Goose".

Le colonel Brian Horne, supposé mort depuis des années, semble pourtant bien vivant et commanditer des séries de massacres sanglants dans la jungle Amazonienne. Fran et Mark, deux journalistes, décident de partir pour l'enfer vert afin d'essayer d'interviewer le colonel et par la même occasion de retrouver Tommy, un jeune homme disparu dans la jungle. Ils vont être témoins d’événements horribles dont ils n'auraient même pas imaginé la violence et qui vont constituer le reportage de leur vie...

Peter Quill, alias Starlord, est encore sous le choc de la perte de Gamora et sombre peu à peu. Son équipe tente de le garder hors de l'eau mais en vain. Mais un évènement inattendu va se produire et le forcer à sortir de sa torpeur. Rocket a besoin de lui et des gardiens. L'équipe va se lancer dans une épopée épique pour défendre l'univers et sauver Rocket.