Des extra-terrestres belliqueux, ressemblant étrangement à des clowns monstrueux, s'écrasent sur terre avec la ferme intention d'y installer leur chapiteau et de transformer en Barbapapa à peu près tout ce qui respire.. Un couple d'amoureux, un flic et deux marchands de glace vont tenter d'enrayer la vilaine invasion démarrée par les vilains clowns venus d'ailleurs..

Max est un jeune enfant perturbé par la disparition de son père. Agité jusqu'à en être violent, il provoque une dispute avec sa mère et s'enfuit de la maison familiale. Dans un parc, il trouve un bateau qui va le mener tout droit vers une île remplie de monstres à la fois fantastiques et terrifiants..

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.