Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Des extra-terrestres belliqueux, ressemblant étrangement à des clowns monstrueux, s'écrasent sur terre avec la ferme intention d'y installer leur chapiteau et de transformer en Barbapapa à peu près tout ce qui respire.. Un couple d'amoureux, un flic et deux marchands de glace vont tenter d'enrayer la vilaine invasion démarrée par les vilains clowns venus d'ailleurs..

Nathan se réveille sur une route près de son automobile, totalement détruite dans un ravin. Il rencontre alors Daniel et se rend compte qu'ils sont tous les deux morts dans cet accident. L'un comme l'autre sont en faute et alors que deux mystérieuses portes apparaissent devant eux, ils vont se rendre compte qu'ils n'ont pas vraiment le choix de leur destination. Ils sont donc condamnés à éprouver les souffrances des damnés au plus profond des enfers...