Accusé d'avoir tué son mari en état de légitime défense, Marnie Watson est libérée mais contrainte de rester chez elle dans le cadre de la conditionnelle. Elle ne peut s'éloigner de plus de 100 pieds de la maison, enchaînée par son bracelet électronique. Elle va très vite se rendre compte que le fantôme de son défunt mari, plutôt revanchard, est toujours bien présent dans les murs...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Jeff Sanders, un éminent spécialiste en Arts-martiaux, retrouve son vieil ami Kim. Celui-ci s'occupe d'une échoppe et tente de résister à un maffieux notoire, Yun. Lorsque Kim est assassiné, Jeff décide de se lancer dans une vendetta vengeresse et de punir cette organisation qui a eu raison de son ami.