Le duo infernal Eddie/Venom est en cavale. Pourchassé par les humains et désormais par une espèce tout droit venue du monde du Symbiote, ils décident de rentrer à New-York pour essayer de faire éclater la vérité au sujet d'Eddie, accusé en prime de meurtre. Knull, créateur des Symbiotes, va alors déchainer ses créatures pour remettre la main sur Venom, qui disposerait de la clé pour le libérer de sa prison...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Nathan se réveille sur une route près de son automobile, totalement détruite dans un ravin. Il rencontre alors Daniel et se rend compte qu'ils sont tous les deux morts dans cet accident. L'un comme l'autre sont en faute et alors que deux mystérieuses portes apparaissent devant eux, ils vont se rendre compte qu'ils n'ont pas vraiment le choix de leur destination. Ils sont donc condamnés à éprouver les souffrances des damnés au plus profond des enfers...