Quaid est un étudiant en philosophie plutôt doué mais très perturbé. Il décide avec deux de ses camarades de démarrer une thèse sur les peurs les plus profondes de l'être humain. Cette étude va faire resurgir chez lui un traumatisme subit dans son enfance et peu à peu le faire basculer vers la folie...

Une jeune garde-chasse Amérindienne capture un braconnier alors qu'il transporte une mallette remplie de billets. Celui-ci l'aurait trouvée au beau milieu d'un lac gelée, lieu du crash d'un petit avion de tourisme chargé de beaucoup d'autres mallettes de même nature. Les propriétaires de cet argent ne semblent pas décidés à l'abandonner et décident de venir le chercher en chassant nos deux protagonistes, seuls à connaitre l'emplacement de l'avion...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...