Un gros machin tout vilain, le Pitchfork, sorte de mix entre Tom Sawyer et Jason Vorhees, est transporté à l’hôpital du coin suite à son massacre du premier épisode (ben oui, ça c'est un peu mal terminé pour lui apparemment..). Il se réveille dans l'ambulance et décide de buter tout le monde. Fraîchement débarqué, il va à l’hôpital avec l'espoir de buter tout le monde (ou à minima une Lorie Strode qui trainerait par là, on sait pas trop..)...

Franck de Rolan est un gendarme affecté à une enquête sur la mystérieuse disparition de 3 enfants. Elle le conduit dans un chalet où à eu lieu un double homicide. Il rencontre sur les lieux le commandant Elisabeth Guardiano qui cherche le ou les coupables. Ils vont alors faire équipe pour plonger dans les profondeurs d'un terrifiant secret ancré dans ce village perdu dans les montagnes.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.