Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

David et Tess sont séparés mais font tout pour tenter de préserver l'équilibre de leur fils Léo. Suite à une nuit agitée, David est contraint par son patron d'aller récupérer un mystérieux colis venu de l'autre bout du monde. Il va vite se rendre compte que ce "paquet" attire toutes les convoitises et contient en fait un petit animal très rare qui va s'employer à mettre la zizanie dans l'expédition.

Ethan Hunt et son équipe du FMI (pas le Fond Monétaire International, l'autre...) reprennent du service pour traquer une arme terrifiante qui menace l'humanité toute entière. "L'entité" contrôle nos réseaux, notre présent et devine notre futur ceci afin de prendre l'ascendant et créer un nouvel ordre mondial. Mission Impossible va relever le plus grand défi de son existence.