Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Jeff Sanders, un éminent spécialiste en Arts-martiaux, retrouve son vieil ami Kim. Celui-ci s'occupe d'une échoppe et tente de résister à un maffieux notoire, Yun. Lorsque Kim est assassiné, Jeff décide de se lancer dans une vendetta vengeresse et de punir cette organisation qui a eu raison de son ami.

Quaid est un étudiant en philosophie plutôt doué mais très perturbé. Il décide avec deux de ses camarades de démarrer une thèse sur les peurs les plus profondes de l'être humain. Cette étude va faire resurgir chez lui un traumatisme subit dans son enfance et peu à peu le faire basculer vers la folie...