Un gouverneur des Etats-Unis fait passer en force un décret permettant de faire arrêter tous les enfants d'immigrants sans papiers. Les jeunes se voient alors offrir la possibilité d'être volontaires pour intégrer un programme dans un institut privé. Leur mission sera de s'occuper de leurs aînés malades. Mais rapidement, un petit groupe va se rendre compte que quelque chose ne tourne pas rond dans le centre...

Un enfant est tué par une balle perdue lors d'un affrontement entre deux gangs alors qu'il jouait avec son père. Celui-ci, miraculé mais désormais privé de la parole, décide de se venger en éliminant tous ceux qui ont participé de près ou de loin à cet évènement qui a brisé sa vie. Il se prépare et planifie sa mission d'extermination à la veille du Noël.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.