Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Une sénatrice Américaine vise le siège de la présidence des Etats-Unis et propose en premier lieu de faire annuler la "purge" qui sème terreur et désolation chaque année. Ses opposants vont profiter de cette monstrueuse soirée pour la faire exécuter. C'était sans compter sur Léo, survivant de la précédente purge, qui est devenu son chef de la sécurité.

Six touristes engagent un guide de l'extrême qui les emmène dans la ville abandonnée de Pripyat où résidaient les travailleurs du réacteur nucléaire de Tchernobyl. Au cours de leur exploration, ils découvrent rapidement qu'ils ne sont pas seuls.