Le dernier massacre qui a touché Woodsboro laisse quatre survivants meurtris et psychologiquement affectés. Sam est désormais incapable de relativiser certaines situations et se méfie de tout et de tout le monde. Désireux de repartir sur de bonnes bases et d'oublier tout ça, le groupe change de vie et s'installe à New-York pour un nouveau départ. Mais Ghostface va rapidement de nouveau interférer dans leurs vies.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

En 1987 dans un monastère en Pologne, un officier de police enquête sur de mystérieuses disparitions de jeunes femmes aux alentours. Il s'infiltre en se faisant passer pour un moine et tente de trouver une piste qui le mettrait sur les traces de ces pauvres disparues. Mais ce qu'il va découvrir va le plonger dans un cauchemar révélé par les véritables intentions de ces prêtres déchus.