Le monde est plongé en plein chaos depuis que les morts se sont relevés, attaquant les vivants afin de dévorer leur chair. Un petit groupe de survivants s'enfuit avec l'aide d'un pilote d'hélicoptère et se réfugie dans un centre commercial abandonné. Non sans difficultés, ils finissent par s'approprier les lieux. Alors qu'ils tentent de reconstruire un semblant de vie à l'intérieur, les choses empirent dehors et la situation devient vite incontrôlable...

Après une fin de soirée plutôt mouvementée, Jacob Goodnight (sic) se réveille au beau milieu d'une morgue, vaillant comme Jacques. Pas calmé même après s'être mis le doigt dans l'oeil (ceux qui ont vu le premier comprendront..), il renoue avec ses vieux démons et va s'employer à décimer un jeune groupe d'étudiants en médecine...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...