Lors d'une patrouille de routine, l'officier Daniel Carter trouve un jeune homme blessé sur le bord de la route. Couvert de sang, celui-ci semble sérieusement avoir besoin de soins; Carter le conduit donc à l’hôpital. Peu après son arrivée, le personnel du centre commence à se transformer en créatures monstrueuses. L'officier va prendre la tête d'un groupe de rescapés et tenter de survivre à une nuit qui s'annonce cauchemardesque.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Une petite ville côtière s'apprête à essuyer un Ouragan de catégorie 5 qui pourrait bien faire de très gros dégâts. Les habitants s'organisent et tentent de se mettre en sécurité mais plus les vents se renforcent, plus la situation devient compliquée. Le point culminant sera atteint lorsque la montée des eaux entrainera avec elle une bande de requins affamés qui vont faire de la ville leur terrain de chasse du moment...