Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Mina, une jeune artiste au passé trouble et douloureux, se retrouve bloquée dans une immense forêt de l'ouest de l'Irlande. En tentant de retrouver son chemin, elle tombe sur un abri qui semble habité par trois autres personnes. Cet abri de fortune va très vite se transformer en piège quand elle va se rendre compte qu'elle ne pourra plus jamais le quitter. Chaque nuit, ils sont attaqués par de mystérieuses créatures...

Une course poursuite entre extra-terrestres se solde par le largage d'une étrange capsule dans l'espace. Celle-ci s'écrase sur notre planète dans une petite ville des Etats-Unis. Johnny et sa compagne, se promenant en forêt, vont la découvrir avant d'être éliminés. Des années plus tard, deux universitaires relèvent le défi de sortir un cadavre du laboratoire de leur campus et vont tomber sur celui de Johnny. Ce qu'ils vont réveiller va les entraîner dans un véritable cauchemar..