Sally, enfant renfermée, vient vivre avec son père et sa nouvelle compagne, Kim. Ils habitent une immense demeure du 19e siècle, qu'ils ont décidé de restaurer. En se promenant dans les jardins, la petite fille va découvrir une pièce cachée remplie de mystères et sans le vouloir va libérer une menace enfermée depuis des années dans le coeur de la maison. Des créatures de l'ombre très anciennes vont la pourchasser dans chaque recoin sombre de la bâtisse afin d'essayer de l'emporter avec eux au coeur des ténèbres...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

Un mercenaire fini et noyé dans l'alcool tente de survivre en plein Bangkok alors que des tueurs tentent inlassablement de remettre la main sur lui. Son ancienne patronne fait alors appel à lui pour lui proposer une mission qui pourrait laver son honneur et mettre fin à cette vendetta. Il va devoir retrouver une cible dans un avion et la ramener en un seul morceau aux Etats-Unis. Seul petit hic, l'avion est rempli de tueurs bien décidés à ne pas le laisser faire...