Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

De jeunes adolescents victimes de terribles cauchemars sont soignés dans un établissement spécialisé par le docteur Gordon. Nancy, victime dans sa jeunesse du terrible tueur d'enfant Freddy Krueger, décide de leur venir en aide. Elle va proposer à Neil Gordon de tenter un pari fou: tous se retrouver dans le même rêve via l'hypnose afin de combattre le croquemitaine.

Douze heures. C'est tout ce qu'il reste à l'humanité avant qu'une météorite vienne éradiquer toute vie sur notre planète. James décide d'utiliser ce temps pour rejoindre une fête qualifiée d'ultime afin de boire, se droguer et oublier. En chemin, il sauve une petite fille à la recherche de son père qui va brusquement changer l'ordre de ses priorités...