Tommy et Brendan Conlon sont deux frêres séparés depuis des années par un passé familial douloureux. Tommy, ancien Marine marqué par la guerre, revient auprès de son père pour se préparer à un prestigieux tournoi de MMA. De son côté, Brendan, professeur en difficulté financière, reprend lui aussi la compétition afin de sauver sa famille. Le destin les conduit à s'affronter dans l'arène, où les blessures du passé refont surface.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

La ville de New-York est secouée par des crimes atroces. Durant une autopsie, un bien étrange personnage tente de voler leurs membres aux cadavres. Surpris en plein méfait, il se défenestre. L'enquête conduit rapidement vers une petite île dirigée par un savant fou se livrant à des expériences effroyables: il fait revivre les morts...