Laissé pour mort à la fin du premier opus, le tueur à la caméra surnommé "Chromeskull" est pris en charge par un étrange commando qui va petit à petit le remettre sur pieds. Après de multiples opérations, son désir de vengeance et sa colère sont décuplés et il compte bien se servir de son organisation secrète pour revenir sur le devant de la scène...

Après avoir perdu l'amour de sa vie, James Sunderland reçoit une mystérieuse lettre semblant provenir de celle qu'il croyait disparue. Intrigué, il retourne à Silent Hill, une ville autrefois familière mais désormais plongée dans un cauchemar brumeux. Au fil de ses recherches, il découvre des rues désertes, des créatures monstrueuses et des personnages énigmatiques. Confronté à ses peurs les plus profondes, James s'enfonce dans une réalité de plus en plus troublante où passé et présent se confondent. Chaque rencontre le rapproche d'une vérité terrifiante qui menace sa raison.

Lizzy est une jeune infirmière qui débute dans un hôpital psychiatrique pour adolescents ultra-violents. Lors d'une évasion, elle se fait kidnapper par 4 d'entre eux et va vivre une véritable descente aux enfers. Recherchés par un policier avide de vengeance, l'un des ados va peu à peu glisser vers la folie, frappé de plein fouet par des événements atroces qui feront de lui celui que l'on surnommera "Leatherface".