Arthur est devenu roi de l'Atlantide et gère en même temps son nouveau rôle de Papa. Faisant face à une nouvelle menace de Black Manta, il est obligé de demander l'aide de son demi-frère Orm. Ils vont devoir affronter une entité dévastatrice se servant du désir de vengeance obsessionnel de Manta. Le sort de leur royaume est entre leurs mains...

Un groupe de mineurs est forcé d'emmener avec eux un curieux professeur pour effectuer des prélèvements sous terre. Un éboulement les empêchant de remonter, ils découvrent une crypte contenant un mystérieux tombeau. Ce qu'ils vont libérer va alors les poursuivre inlassablement, bien décidé à les faire souffrir.

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.