Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.

La ville de New-York est secouée par des crimes atroces. Durant une autopsie, un bien étrange personnage tente de voler leurs membres aux cadavres. Surpris en plein méfait, il se défenestre. L'enquête conduit rapidement vers une petite île dirigée par un savant fou se livrant à des expériences effroyables: il fait revivre les morts...

Après avoir survécu à son enlèvement, Finney, aujourd'hui âgé de 17 ans, tente tant bien que mal de reprendre le cours d'une vie normale. C'est désormais sa soeur Gwen qui commence à recevoir des appels du téléphone noir, mais dans ses rêves. Elle y voit sans cesse des garçons se faire pourchasser par un monstrueux tueur dans un camp de vacances appelé "Alpine Lake". Bien décidé à mettre fin à ses horribles rêves, elle persuade son frère de l'aider et de se rendre sur place...