Le Docteur Pretorius et son assistant Crawford Tillingast sont des chercheurs spécialisés dans le paranormal. Ils mettent au point un appareil censé stimuler la glande pinéale située dans le cerveau humain. Lors de la première mise en route du "résonateur", d'étranges créatures vont apparaître et attaquer les deux scientifiques...

Seule rescapée des événements tragiques de "X", Maxine Minx s'installe à Los Angeles, toujours bien décidée à devenir une star du cinéma que personne ne pourra oublier. Son passé d'actrice X lui collant à la peau, elle doit batailler pour obtenir un rôle dans un film qui lui ouvrira les portes du succès. Mais un tueur nocturne rôde et semble décimer tout l'entourage de la jeune femme dans d'atroces circonstances...

Les champions de la terre révélés lors des précédents affrontements sont désormais rejoins par Johnny Cage, un acteur de seconde zone anciennement champion d'arts martiaux. Ils vont devoir s'unir pour combattre dans le "Mortal Kombat", un tournoi qui verra la faction gagnante prendre le contrôle de toutes les autres. Le monstrueux Shao Kahn se lance dans cette bataille sanglante et espère bien conquérir le royaume terre, Earthrealm, et tous ses défenseurs.