Sienna et son frère ont miraculeusement survécu à leur confrontation avec Art le Clown lors du massacre d'Halloween. Ils tentent de reconstruire leur vie même si la jeune fille souffre de la culpabilité de la survivante. Les fêtes de Noel approchent et tout le monde essaye de laisser derrière toutes ces horreurs passées. Mais c'est sans compter sur la résurrection du Clown monstrueux qui va transformer la fête en un véritable cauchemar.

Après avoir perdu l'amour de sa vie, James Sunderland reçoit une mystérieuse lettre semblant provenir de celle qu'il croyait disparue. Intrigué, il retourne à Silent Hill, une ville autrefois familière mais désormais plongée dans un cauchemar brumeux. Au fil de ses recherches, il découvre des rues désertes, des créatures monstrueuses et des personnages énigmatiques. Confronté à ses peurs les plus profondes, James s'enfonce dans une réalité de plus en plus troublante où passé et présent se confondent. Chaque rencontre le rapproche d'une vérité terrifiante qui menace sa raison.

En 1987 dans un monastère en Pologne, un officier de police enquête sur de mystérieuses disparitions de jeunes femmes aux alentours. Il s'infiltre en se faisant passer pour un moine et tente de trouver une piste qui le mettrait sur les traces de ces pauvres disparues. Mais ce qu'il va découvrir va le plonger dans un cauchemar révélé par les véritables intentions de ces prêtres déchus.