Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...

Kinney est un jeune pilote de drone embarqué malgré lui dans une mission de la Delta Force au sud des Philippines. Une mission de reconnaissance qui se transforme rapidement en mission de sauvetage puis en mission suicide pour le groupe. La recrue va devoir puiser au plus profond de ses ressources pour tenter de s'extirper de ce bourbier.

Sam est un détenu modèle. Son incarcération se termine et une fois dehors, il n'aspire qu'à une chose: retrouver une vie normale. Malheureusement, son passé va le rattraper et il va devoir quitter le pays pour se rendre en Thaïlande et démarrer une nouvelle vie. Là-bas, il fonde une famille et est enfin heureux. Mais après 5 ans de tranquillité, il va une nouvelle fois faire face à ses vieux démons.