Sophia, une brillante scientifique spécialiste des requins, a décroché depuis qu'elle a perdu toute son équipe lors d'une attaque terrible de Lilith, un spécimen très particulier. Mais quelques temps plus tard, une autre équipe de scientifiques découvrent que la balise placée sur ce requin est de nouveau détectée... dans la Seine à Paris...

En 1978, une banlieue du Colorado est le cadre de nombreux enlèvements d'enfants. Ils seraient enlevés par un fou surnommé "l'attrapeur", un mystérieux magicien qui rôde à bord de sa camionnette. Finney, un adolescent effacé mais sans histoires, est kidnappé par le forcené et séquestré dans un sous-sol insonorisé. Il est rapidement interpellé par un curieux téléphone noir trônant sur le mur mais relié à aucun réseau...

Peter Quill, alias Starlord, est encore sous le choc de la perte de Gamora et sombre peu à peu. Son équipe tente de le garder hors de l'eau mais en vain. Mais un évènement inattendu va se produire et le forcer à sortir de sa torpeur. Rocket a besoin de lui et des gardiens. L'équipe va se lancer dans une épopée épique pour défendre l'univers et sauver Rocket.