Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.

Mills est un pilote devant raccompagner chez eux les clients d'un voyage spatial. Après avoir heurté un champ d'astéroïdes, son vaisseau s'écrase sur la planète terre, au temps des dinosaures. A part lui, une seule survivante, Koa. Ils vont devoir braver une dangereuse faune pour atteindre la navette de secours, située à 15km du lieu de leur crash.

Li Fong, un adolescent formé par son oncle au Kung-Fu à Pékin en Chine, doit déménager à New-York avec sa mère. Traumatisé par la mort de son grand frère, il lui promet de ne plus jamais utiliser ses techniques de combat. Il rencontre alors les Lipani, tenanciers d'une pizzeria, et devient ami avec eux. Pour les sortir de l'embarras il va devoir revenir sur sa promesse et participer à un grand tournoi, le five borrows. Mais s'il espère vraiment gagner il va devoir passer outre sa peur et son trauma.