Ethan Hunt et son équipe du FMI (pas le Fond Monétaire International, l'autre...) reprennent du service pour traquer une arme terrifiante qui menace l'humanité toute entière. "L'entité" contrôle nos réseaux, notre présent et devine notre futur ceci afin de prendre l'ascendant et créer un nouvel ordre mondial. Mission Impossible va relever le plus grand défi de son existence.

Frank Carveth, alors en plein divorce, découvre des traces de coups sur le corps de sa petite fille Candice. Alors qu'il tente de contacter son ex-femme, internée dans un centre psychiatrique et isolée de tout, des meurtres atroces sont commis dans son entourage. Ils sont perpétrés par de petites personnes, certainement des enfants mais au visage monstrueux...

Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...