Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.

Après avoir survécu à son enlèvement, Finney, aujourd'hui âgé de 17 ans, tente tant bien que mal de reprendre le cours d'une vie normale. C'est désormais sa soeur Gwen qui commence à recevoir des appels du téléphone noir, mais dans ses rêves. Elle y voit sans cesse des garçons se faire pourchasser par un monstrueux tueur dans un camp de vacances appelé "Alpine Lake". Bien décidé à mettre fin à ses horribles rêves, elle persuade son frère de l'aider et de se rendre sur place...

Le lieutenant Kate Sinclair, pilote de la Royal Air Force, est abattu en opération au-dessus de l'Afghanistan. Après un échange de tirs qui mènera à la mort de son coéquipier, elle trouve refuge dans un Bunker souterrain situé à proximité de la zone de combat. Elle va alors réveiller des armes biologiques mortelles, mi-humaines, mi-aliens, qui n'auront de cesse de la traquer...