Jonas Taylor est toujours aussi impliqué dans la lutte contre la pollution. Il retourne dans la fosse des Mariannes avec le frêre de Suyin afin de découvrir de nouveaux Mégalodons (entre autres bestioles).Ils vont malheureusement croiser la route d'une exploitation minière illégale qui, au détour d'une explosion, va libérer la colère de toute une faune plutôt hostile au projet (et aux humains)...

Jess est la maman d'un enfant autiste. Afin d'essayer de respirer, elle fait garder son enfant et part pour une virée en mer avec des amis. Pris dans une tempête, leur embarcation coule et ils trouvent refuge sur un immense bateau passant par là. Ils vont bien vite se rendre compte que celui-ci est désert et semble coincé entre plusieurs dimensions... Jess va comprendre que la tempête qu'ils viennent d'essuyer n'était rien en rapport avec celle frappant ce terrifiant navire fantomatique...

Le dernier massacre qui a touché Woodsboro laisse quatre survivants meurtris et psychologiquement affectés. Sam est désormais incapable de relativiser certaines situations et se méfie de tout et de tout le monde. Désireux de repartir sur de bonnes bases et d'oublier tout ça, le groupe change de vie et s'installe à New-York pour un nouveau départ. Mais Ghostface va rapidement de nouveau interférer dans leurs vies.