Jonas Taylor est toujours aussi impliqué dans la lutte contre la pollution. Il retourne dans la fosse des Mariannes avec le frêre de Suyin afin de découvrir de nouveaux Mégalodons (entre autres bestioles).Ils vont malheureusement croiser la route d'une exploitation minière illégale qui, au détour d'une explosion, va libérer la colère de toute une faune plutôt hostile au projet (et aux humains)...

Des extra-terrestres belliqueux, ressemblant étrangement à des clowns monstrueux, s'écrasent sur terre avec la ferme intention d'y installer leur chapiteau et de transformer en Barbapapa à peu près tout ce qui respire.. Un couple d'amoureux, un flic et deux marchands de glace vont tenter d'enrayer la vilaine invasion démarrée par les vilains clowns venus d'ailleurs..

Peter Quill, alias Starlord, est encore sous le choc de la perte de Gamora et sombre peu à peu. Son équipe tente de le garder hors de l'eau mais en vain. Mais un évènement inattendu va se produire et le forcer à sortir de sa torpeur. Rocket a besoin de lui et des gardiens. L'équipe va se lancer dans une épopée épique pour défendre l'univers et sauver Rocket.