Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...

Une petite ville côtière s'apprête à essuyer un Ouragan de catégorie 5 qui pourrait bien faire de très gros dégâts. Les habitants s'organisent et tentent de se mettre en sécurité mais plus les vents se renforcent, plus la situation devient compliquée. Le point culminant sera atteint lorsque la montée des eaux entrainera avec elle une bande de requins affamés qui vont faire de la ville leur terrain de chasse du moment...

Mike Lowrey et Marcus Burnett, équipiers inséparables, tentent de laver l'honneur de leur défunt capitaine de Police. Ils vont se retrouver aux prises avec un dangereux agent véreux, James McGrath, qui va tout faire pour les éliminer. Heureusement, les Bad Boys c'est pour la vie; et il va falloir lutter pour la conserver.