Un bateau abandonné flottant au large du port de New-York est intercepté par les garde-côte. Après être montés à bord, ils sont brutalement attaqués par un homme en partie décomposé. La fille du propriétaire du bateau est interrogée et découvre que son père est parti s'installer sur une île tropicale, sans jamais revenir. Elle décide alors, aidée d'un journaliste, de se rendre sur les lieux afin de comprendre ce qui a pu lui arriver...

Sam est un détenu modèle. Son incarcération se termine et une fois dehors, il n'aspire qu'à une chose: retrouver une vie normale. Malheureusement, son passé va le rattraper et il va devoir quitter le pays pour se rendre en Thaïlande et démarrer une nouvelle vie. Là-bas, il fonde une famille et est enfin heureux. Mais après 5 ans de tranquillité, il va une nouvelle fois faire face à ses vieux démons.

Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.