Kong se cherche une nouvelle famille. Il fouille sans relâche la terre d'en dessous en espérant tomber sur ses semblables. Sa ténacité finit par payer mais sa joie sera de courte durée. Il libère un terrible danger qu'il va devoir combattre en s'alliant à celui qui était autrefois son ennemi : Godzilla.

Millie et Tom sont en couple depuis de nombreuses années et commencent à souffrir d'un quotidien de plus en plus pesant. Ils décident de déménager à la campagne afin de se donner un nouveau départ. Tom peine à percer dans la musique et est totalement dépendant de Millie, qui exerce en tant qu'institutrice et a retrouvé un nouveau poste sur place. Lors d'une randonnée censée les rapprocher, ils vont tomber sur un mystérieux endroit qui va les infecter et provoquer un changement physique particulièrement éprouvant.

Le duo infernal Eddie/Venom est en cavale. Pourchassé par les humains et désormais par une espèce tout droit venue du monde du Symbiote, ils décident de rentrer à New-York pour essayer de faire éclater la vérité au sujet d'Eddie, accusé en prime de meurtre. Knull, créateur des Symbiotes, va alors déchainer ses créatures pour remettre la main sur Venom, qui disposerait de la clé pour le libérer de sa prison...