Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

En 1978, une banlieue du Colorado est le cadre de nombreux enlèvements d'enfants. Ils seraient enlevés par un fou surnommé "l'attrapeur", un mystérieux magicien qui rôde à bord de sa camionnette. Finney, un adolescent effacé mais sans histoires, est kidnappé par le forcené et séquestré dans un sous-sol insonorisé. Il est rapidement interpellé par un curieux téléphone noir trônant sur le mur mais relié à aucun réseau...

Un bateau abandonné flottant au large du port de New-York est intercepté par les garde-côte. Après être montés à bord, ils sont brutalement attaqués par un homme en partie décomposé. La fille du propriétaire du bateau est interrogée et découvre que son père est parti s'installer sur une île tropicale, sans jamais revenir. Elle décide alors, aidée d'un journaliste, de se rendre sur les lieux afin de comprendre ce qui a pu lui arriver...