Après les événements sanglants du précédent opus, le terrifiant Jason Vorhees est emmené à la morgue du coin. Pas tout à fait mort, il parvient à s'en échapper et retourne au camp de Crystal Lake. Trish, Tommy et leur maman arrivent dans leur maison de vacances tout près de là et font connaissance avec une bande de jeunes venus faire la fête le temps d'un week-end... Mais Jason ne l'entends pas de cette oreille..

Bien décidé à élucider la disparition de sa sœur en 1994 dans la forêt de Blair (rien à voir avec Tony ni avec un tarin quelconque), James y part en pèlerinage avec quelques amis et une tripotée de caméras. Rencontrant deux autochtones en route, ils vont bien vite se rendre compte que la légende de la sorcière ne serait pas si improbable que ça..

Robert Verne, médecin à tendances humaniste, est mandaté par l'agence de protection de l'environnement de Washington pour enquêter sur une histoire de pollution dans le Maine. Celle-ci causerait de violents troubles entre les indiens natifs de la région et les dirigeants d'une usine de papier déversant leurs déchets dans la rivière. Celui-ci va découvrir que l'horreur ne se résume pas à la présence de ces abus mais qu'ils ont engendré quelque chose de bien plus terrible...