Ethan Hunt est rattrapé par la patrouille et doit rendre des comptes à ses pairs. Bien décidé à ne pas laisser "l'entité" gagner la partie, il va convaincre le gouvernement de lui laisser les coudées franches pour débusquer son code source et la détruire avant qu'elle ne nous mène à la fin de l'humanité. Il va devoir repousser ses limites une dernière fois, notamment en plongeant au plus profond de la mer Baltique, dans l'épave d'un sous-marin Russe...

Un gros machin tout vilain, le Pitchfork, sorte de mix entre Tom Sawyer et Jason Vorhees, est transporté à l’hôpital du coin suite à son massacre du premier épisode (ben oui, ça c'est un peu mal terminé pour lui apparemment..). Il se réveille dans l'ambulance et décide de buter tout le monde. Fraîchement débarqué, il va à l’hôpital avec l'espoir de buter tout le monde (ou à minima une Lorie Strode qui trainerait par là, on sait pas trop..)...

Un journaliste vit depuis plusieurs mois en Egypte avec sa famille, dans l'attente d'une promotion. Le jour de l'annonce de son nouveau poste, sa jeune fille Katie est enlevée par une mystérieuse femme. Huit ans plus tard et alors que la famille tente de se reconstruire, Jack reçoit un coup de téléphone lui annonçant qu'on avait retrouvé sa fille, mais dans des circonstances plus qu'étranges... Elle était enfermée dans un sarcophage.