Sophia, une brillante scientifique spécialiste des requins, a décroché depuis qu'elle a perdu toute son équipe lors d'une attaque terrible de Lilith, un spécimen très particulier. Mais quelques temps plus tard, une autre équipe de scientifiques découvrent que la balise placée sur ce requin est de nouveau détectée... dans la Seine à Paris...

Laissés livrés à eux mêmes après la disparition de leurs parents, Chloe et T.J. tentent de survivre avec le peu de moyens dont ils disposent. Après une tentative de vol qui a mal tourné, Chloe va devoir sauver son frère en s'introduisant dans une morgue contenant un cadavre qui pourrait le compromettre. Seul moyen d'y arriver, se faire passer pour un cadavre...

Le monde apprend à vivre sans les Avengers alors que Valentina Allegra de Fontaine tend un piège à son équipe de super-héros à la ramasse pour se sortir de déboires judiciaires importants. Plutôt que de s'entretuer, le groupe de loosers va au contraire s'unir sous la bannière des Thunderbolts pour combattre Bob, la nouvelle arme de Valentina, un curieux personnage qui va vite devenir leur pire cauchemar et libérer son côte sombre sur la ville de New-York...